Prof. dr hab. Alina Dudkowiak jest Dyrektorem (od 2019 roku) i przewodniczącą Rady Naukowej Szkoły Doktorskiej Politechniki Poznańskiej. W obszarze jej zainteresowań naukowych znajdują się: biofizyka, fotofizyka, fizyka molekularna, spektroskopia optyczna, bionanotechnologia, fizyka medyczna. Pełniła liczne funkcje na Wydziale Fizyki Technicznej, m.in. prodziekana ds. nauki, dyrektora instytutu oraz w skali Uczelni m.in. przewodniczącej Senackiej Komisji ds. Ustaw, Statutu i Regulaminów. Była członkiem Senatu Politechniki Poznańskiej oraz Kapituły Medalu “Zasłużony dla Politechniki Poznańskiej”, a obecnie jest członkiem Kapituły Medalu "Za wybitne zasługi dla Politechniki Poznańskiej".

Pracuje w Instytucie Fizyki na Wydziale Inżynierii Materiałowej i Fizyki Technicznej Politechniki Poznańskiej i jest kierownikiem Zakładu Fizyki Molekularnej oraz kierownikiem studium doktoranckiego na WIMiFT. Reprezentowała Politechnikę Poznańską w Radzie Międzyuczelnianego Centrum NanoBioMedycznego Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza, w latach 2011-2016 była przewodniczącą,  a obecnie jest członkiem Zarządu Poznańskiego Oddziału Polskiego Towarzystwa Fizycznego.